fr.ifremer.coser.services

Class ProjectService

java.lang.Object

fr.ifremer.coser.services.ProjectService

public class ProjectService
extends Object

Service business method relative to project. Interessant à savoir, l'ordre pour traiter les fichiers correctement est: Strates > Traits > Captures > Tailles

Author:

chatellier

Field Summary

Fields

Modifier and Type	Field and Description
protected CommandService	commandService
protected CommonService	commonService
protected CoserBusinessConfig	config
protected PublicationService	publicationService

Constructor Summary

Constructors

Constructor and Description
ProjectService(CoserBusinessConfig config)

Method Summary

Methods

Modifier and Type	Method and Description
protected void	addHistoryCommandsToProperties(Properties props, List<Command> historyCommand, String propertyPrefix) Sauve une liste ordonnées de commande dans le fichier specifié.
protected void	addProjectContent(Project project, AbstractDataContainer container, CoserConstants.Category category, DataStorage content, boolean deletedContent) Set content into project depending on category type.
protected String	convertCommandToLine(Command command) Convert a command to string info
protected Command	convertLineToCommand(String line) Convert a string line to parameterized command.
protected Selection	copyControlDataToSelection(Project project, Selection selection) Copy loaded control data to new created selection.
Project	createProject(Project project, Map<CoserConstants.Category,File> categoriesAndFiles, List<File> maps, ProgressMonitor progress) Create new project.
void	createProjectSelection(Project project, Selection selection) Create and save project selection.
void	deleteData(Project project, Control control, CoserConstants.Category category, String index) Supprime une données via son index.
void	deleteData(Project project, Control control, CoserConstants.Category category, String index, String commandUUID) Supprime une données via son index.
void	deleteRSufiResult(Project project, Selection selection, RSufiResult rsufiResult) Delete a rsufi result.
void	editRsufiResults(Project project, Selection selection, RSufiResult rsufiResult, List<File> othersFile) Save existing rsufi result.
void	editSelectionOptions(Project project, Selection selection, List<File> othersFile) Save existing rsufi result.
File	extractRSUfiData(Project project, Selection selection, File directory, boolean onlyDataTable) Extrait les données de la selection pour rSufi.
void	fillLengthStructureMatrix(Project project, AbstractDataContainer dataContainer, org.nuiton.math.matrix.MatrixND matrix) Length structure matrix provider filler part.
protected void	fillListSpeciesFile(Selection selection, File ouputFile) Ecrit le fichier ListEspeces.txt dans le fichier specifiés.
void	fillListsSelection(Selection selection, List<String> selectedSpeciesOccDens, List<String> selectedSpeciesSizeAllYear, List<String> selectedSpeciesMaturity) Definie dans la selection les listes L2 à L4 avec les 3 listes en parametres.
void	filterDataSpecies(Project project, Selection selection, List<String> selectedSpecies) Update data to remove non selected species.
void	filterDataStrata(Project project, Selection selection, List<String> selectedStrata) Update data to remove non selected strata.
List<String>	filterDataYearsAndGetStrata(Project project, Selection selection, List<String> selectedYears) Filter data on selected years and return resulting strata name sorted by names.
org.nuiton.math.matrix.MatrixND	getDensity(Project project, Selection selection) Densité: nombre par km2 par espèce par année years=sort(unique(TRAITS$Annee)) #surface total pour toutes les strates totsurface=sum(STRATES$Surface) #ordonner table STRATES par nom des strates STRATES=STRATES[order(STRATES$Strate),] #combiner les 3 tables de données dans une seule table tab tab=merge(CAPTURES,STRATES,by.x=c("Annee","Trait"),by.y=c("Annee","Trait")) tab=merge(tab,TRAITS, by.x=c("Annee","Trait"),by.y=c("Annee","Trait")) species=sort(unique(CAPTURES$Espece)) #calculer la densité moyenne par année par strate par espèce densparstrate=tapply(tab$Nombre/tab$SurfaceBalayee,list(tab$Espece, tab$Annee, tab$Strate), mean) densparstrate[is.na(densparstrate)]=0 # remplace NA par 0 #surface par annee et strate et espèce surfaceparstrate=tapply(tab$Surface, list(tab$Espece, tab$Annee, tab$Strate), unique) #multiplier la densité par la surface de la strate pour obtenir nombre par année-strate nombreparstrate= surfaceparstrate* densparstrate #sommer nombre sur strates par année pour chaque espèce et diviser par surface totale densiteparannee=apply(nombreparstrate,c(1,2),sum)/totsurface #densité moyenne pour la période densitemoyenneespece=apply(densiteparanne,1,mean)
protected double	getHalfStepValue(double value) Retourne la valeur au demi pas la plus proche.
protected List<Command>	getHistoryCommandsFromProperties(Properties props, String propertyPrefix) Load history command list from file.
org.nuiton.math.matrix.MatrixND	getLengthStructure(Project project, AbstractDataContainer dataContainer) Présentation du graphique : histogramme de distribution en tailles par espèce, par strate et par année (une planche par espèce et par année) pour toute la série.
org.nuiton.math.matrix.MatrixND	getOccurrence(Project project, Selection selection) Occurrence : pourcentage des traits dans lesquels une espèce est présentes years=seq(min(CAPTURES$Annee), max(CAPTURES$Annee)) nyears=length(years) catch=CAPTURES[CAPTURES$Nombre>0,] #prendre seulement données positives #compter nombre de traits par année où chaque espèce est présent occurence=tapply(catch$Trait,list(species=catch$Espece,year=catch$Annee),lengthunique) occurrence[is.na(occurence)]<-0 rapport.func=function(x,v) {return (x/v);} #diviser nombre de traits avec présence par nombre total de traits pct.occur=apply(occurence,1,rapport.func,v=haulcount)# haulcount de 1) pct.occur=t(round(pct.occur*100,2)) # multiplier par 100 et arrondir à 2 décimales colnames(pct.occur)=colnames(haulcount) #affectation noms colonnes matrice rownames(pct.occur)=rownames(occur) #nom des espèces #calculerl l'occurrence moyenne à travers les années provi.oc=round(apply(pct.occur,1,mean),2) pct.occur=cbind(pct.occur,MeanOccurence=provi.oc)
protected DataStorage	getProjectContent(Project project, AbstractDataContainer container, CoserConstants.Category category, boolean deletedContent) Set content into project depending on category type.
List<String>	getProjectNames() Return existing project name list sorted by project name.
List<String>	getProjectSpecies(AbstractDataContainer container, Project project, Collection<String> filterSpecyType) Get species name in project with data in [beginYear-endYear].
Map<String,String>	getProjectSpeciesTypes(Project project) Retourne la liste des type d'especes definie dans le projet sous forme de map avec leur commentaire (sauf "Tous").
String	getProjectSurveyName(File resultDirectory, RSufiResult rSufiResult) Look for project survey name in rsufi result.
List<String>	getProjectYears(Selection selection) Find all defined year in model.
LinkedHashMap<String,String>	getReftaxSpeciesDisplayFieldMap(Project project, boolean outputField) Retourne une map de transcription entre la valeur de stockage de l'espece et la valeur retranscrite à l'utilisateur suivant les préférences qu'il a renseigner dans le projet.
RSufiResult	getRSufiResult(File resultDirectory) Retourne un object RSufiResult initialise avec les données du resultat du répertoire demandé.
org.nuiton.math.matrix.MatrixND	getSamplingEffort(Project project, Selection selection) Effort d'échantillonnage: nombre de traits par strate par année.
SortedMap<String,List<String>>	getSelectionByProject() Retourne une map de toutes les selections par projet dans le but de selectionner une selection pour la rejouer dans l'ui.
Collection<String>	getSpeciesWithMaturity(Selection selection) Recherche les especes qui ont au moins une maturité sur l'ensemble des données.
Collection<String>	getSpeciesWithSizeAllYears(Selection selection) Touve toutes les especes qui ont des tailles pour toutes les années.
List<Coordinate>	getStrataHaulCoordinate(Selection selection, Collection<String> strataCollection) Get all strata's haul coordinates of given strata.
Selection	initProjectSelection(Project project) Creer une instance de selection "non sauvegardee" avec les données de control (validée) du projet.
Selection	initProjectSelectionFromFile(Project project, File selectionFile) Initialise une nouvelle selection à partir des données de controle et de la definition de la selection du fichier fournit.
boolean	isSpeciesNameExist(Project project, String newSpeciesName) Test que le nom de la nouvelle espece existe dans le Reftax actuellement utilisé par le projet.
Project	loadControlData(Project project) Load control data in an initialized project.
Project	loadControlDataToSelection(Project project, Selection selection) Recharge les données de control et les copies dans la selection.
protected List<RSufiResult>	loadRSufiResults(File selectionDirectory) Load rsufi result in specified directory.
Project	loadSelectionData(File projectsDirectory, Project project, Selection selection) Load selection data in an initialized project form specific directory.
Project	loadSelectionData(Project project, Selection selection) Load selection data in an initialized project.
Project	mergeSpecies(Project project, Selection selection, String newSpeciesName, String comment, String... speciesNames) Fusion d'especes.
Project	openProject(String projectName) Open project without loading data.
Project	openProject(String projectName, File parentDirectory) Open project without loading data.
Selection	openSelection(String projectName, String selectionName) Open selection (without opening associated project) without associated data (just properties info).
void	replaceData(Project project, Control control, CoserConstants.Category category, String[] data) Replace all bean data.
boolean	replaceFieldValue(Project project, CoserConstants.Category category, String headerName, String searchString, String replaceString, String[] data, boolean isRegex, String commandUUID) Replace une valeur d'un champs si nécéssaire.
void	saveProject(Project project, List<File> maps) Sauve seulement les informations concernant le projet et les cartes si elle ont été modifiée par rapport à la liste des cartes actuellement dans le projet.
void	saveProjectControl(Project project) Enregistre les fichiers de données apres validation.
void	saveProjectSelection(Project project, Selection selection) Save project selection.
void	saveRSufiResult(File rsufiResultDirectory, RSufiResult rsufiResult) Save rsufi result (only properties file).
void	saveRsufiResults(Project project, Selection selection, RSufiResult rsufiResult, List<File> othersFiles) Create new rsufi result list in directory structure.
protected Project	updateProjectMaps(Project project, File projectDirectory, List<File> newMaps) Update project maps with new maps.
void	validControl(Project project, List<ControlError> validationErrors) Marque le controle comme valider et sauve le projet.
void	validSelection(Project project, Selection selection) Marque la selection comme validée et sauve le projet.

Methods inherited from class java.lang.Object

clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait

Field Detail

config

protected CoserBusinessConfig config

commonService

protected CommonService commonService

commandService

protected CommandService commandService

publicationService

protected PublicationService publicationService

Constructor Detail

ProjectService

public ProjectService(CoserBusinessConfig config)

Method Detail

getProjectNames

public List<String> getProjectNames()

Return existing project name list sorted by project name.

Returns:

projects list

createProject

public Project createProject(Project project,
                    Map<CoserConstants.Category,File> categoriesAndFiles,
                    List<File> maps,
                    ProgressMonitor progress)
                      throws CoserBusinessException

Create new project. Do (ordered): - project existence test - data loading - data copying (after loading check)

Parameters:

project - project to create

categoriesAndFiles - additional files to load

maps - maps file

progress - progress monitor (can be null)

Returns:

project with filled data

Throws:

CoserBusinessException - if project can't be created

saveProject

public void saveProject(Project project,
               List<File> maps)
                 throws CoserBusinessException

Sauve seulement les informations concernant le projet et les cartes si elle ont été modifiée par rapport à la liste des cartes actuellement dans le projet.

Parameters:

project - project

maps - maps

Throws:

CoserBusinessException

updateProjectMaps

protected Project updateProjectMaps(Project project,
                        File projectDirectory,
                        List<File> newMaps)
                             throws CoserBusinessException

Update project maps with new maps. Théoriquement, si les deux listes sont identiques, cette methode ne fait rien.

Parameters:

project - project to update maps

projectDirectory - project directory

newMaps - new maps to set

Throws:

CoserBusinessException

openProject

public Project openProject(String projectName)
                    throws CoserBusinessException

Open project without loading data. Just load non category data (reftax).

Parameters:

projectName - project name to open

Returns:

loaded project with data

Throws:

CoserBusinessException

openProject

public Project openProject(String projectName,
                  File parentDirectory)
                    throws CoserBusinessException

Open project without loading data. Just load non category data (reftax).

Parameters:

projectName - project name to open

parentDirectory - optional custom parent directory (for results)

Returns:

loaded project with data

Throws:

CoserBusinessException

loadRSufiResults

protected List<RSufiResult> loadRSufiResults(File selectionDirectory)
                                      throws CoserBusinessException

Load rsufi result in specified directory.

Parameters:

selectionDirectory - selection directory

Returns:

rsufi results list

Throws:

CoserBusinessException

getRSufiResult

public RSufiResult getRSufiResult(File resultDirectory)
                           throws CoserBusinessException

Retourne un object RSufiResult initialise avec les données du resultat du répertoire demandé.

Parameters:

resultDirectory - result directory (base)

Returns:

initialized RSufiResult

Throws:

CoserBusinessException

loadControlData

public Project loadControlData(Project project)
                        throws CoserBusinessException

Load control data in an initialized project.

Parameters:

project - project

Returns:

project with data

Throws:

CoserBusinessException

loadSelectionData

public Project loadSelectionData(Project project,
                        Selection selection)
                          throws CoserBusinessException

Load selection data in an initialized project.

Parameters:

project - project

selection - selection to fill

Returns:

project with data

Throws:

CoserBusinessException

loadSelectionData

public Project loadSelectionData(File projectsDirectory,
                        Project project,
                        Selection selection)
                          throws CoserBusinessException

Load selection data in an initialized project form specific directory.

Parameters:

projectsDirectory - directory containing projects

project - project

selection - selection to fill

Returns:

project with data

Throws:

CoserBusinessException

saveProjectControl

public void saveProjectControl(Project project)
                        throws CoserBusinessException

Enregistre les fichiers de données apres validation.

Parameters:

project - project to save

Throws:

CoserBusinessException

validControl

public void validControl(Project project,
                List<ControlError> validationErrors)
                  throws CoserBusinessException

Marque le controle comme valider et sauve le projet. Genère également les PDF des rapports de contrôle.

Parameters:

project - project to save

validationErrors - controls errors used to fill pdf

Throws:

CoserBusinessException

Since:

1.3

validSelection

public void validSelection(Project project,
                  Selection selection)
                    throws CoserBusinessException

Marque la selection comme validée et sauve le projet. Genère également les PDF des rapports de selection.

Parameters:

project - project to save

Throws:

CoserBusinessException

Since:

1.3

initProjectSelection

public Selection initProjectSelection(Project project)
                               throws CoserBusinessException

Creer une instance de selection "non sauvegardee" avec les données de control (validée) du projet.

Parameters:

project - project to create selection

Returns:

selection

Throws:

CoserBusinessException

initProjectSelectionFromFile

public Selection initProjectSelectionFromFile(Project project,
                                     File selectionFile)
                                       throws CoserBusinessException

Initialise une nouvelle selection à partir des données de controle et de la definition de la selection du fichier fournit.

Parameters:

project - project (containing data in control)

selectionFile - selection file

Returns:

initialized selection

Throws:

CoserBusinessException

copyControlDataToSelection

protected Selection copyControlDataToSelection(Project project,
                                   Selection selection)

Copy loaded control data to new created selection.

Returns:

selection initialized with

createProjectSelection

public void createProjectSelection(Project project,
                          Selection selection)
                            throws CoserBusinessException

Create and save project selection.

Parameters:

project - project to create selection

selection - selection to create

Throws:

CoserBusinessException

saveProjectSelection

public void saveProjectSelection(Project project,
                        Selection selection)
                          throws CoserBusinessException

Save project selection.

Parameters:

project - project to save selection

selection - selection to save

Throws:

CoserBusinessException

saveRsufiResults

public void saveRsufiResults(Project project,
                    Selection selection,
                    RSufiResult rsufiResult,
                    List<File> othersFiles)
                      throws CoserBusinessException

Create new rsufi result list in directory structure. RSufiResult is added to selection result list by this method.

Parameters:

project - project

selection - selection

rsufiResult - new result to save

othersFiles - others files and directory

Throws:

CoserBusinessException

editRsufiResults

public void editRsufiResults(Project project,
                    Selection selection,
                    RSufiResult rsufiResult,
                    List<File> othersFile)
                      throws CoserBusinessException

Save existing rsufi result.

Parameters:

project - project

selection - selection

rsufiResult - new result to save

Throws:

CoserBusinessException

saveRSufiResult

public void saveRSufiResult(File rsufiResultDirectory,
                   RSufiResult rsufiResult)
                     throws CoserBusinessException

Save rsufi result (only properties file).

Parameters:

rsufiResultDirectory - rsufiresult directory

rsufiResult - rsufi result

Throws:

CoserBusinessException

deleteRSufiResult

public void deleteRSufiResult(Project project,
                     Selection selection,
                     RSufiResult rsufiResult)
                       throws CoserBusinessException

Delete a rsufi result.

Parameters:

project - project

selection - selection

rsufiResult - rsufi result to delete

Throws:

CoserBusinessException

Since:

1.3

addHistoryCommandsToProperties

protected void addHistoryCommandsToProperties(Properties props,
                                  List<Command> historyCommand,
                                  String propertyPrefix)
                                       throws CoserBusinessException

Sauve une liste ordonnées de commande dans le fichier specifié.

Parameters:

props - proparties to add command to

historyCommand - command list to save

propertyPrefix - property prefix

Throws:

CoserBusinessException

getHistoryCommandsFromProperties

protected List<Command> getHistoryCommandsFromProperties(Properties props,
                                             String propertyPrefix)
                                                  throws CoserBusinessException

Load history command list from file.

Parameters:

props - properties to parse

propertyPrefix - property prefix

Returns:

command list (never null)

Throws:

CoserBusinessException

convertCommandToLine

protected String convertCommandToLine(Command command)

Convert a command to string info

Parameters:

command - command to convert

Returns:

string command

Throws:

CoserBusinessException

convertLineToCommand

protected Command convertLineToCommand(String line)
                                throws CoserBusinessException

Convert a string line to parameterized command.

Parameters:

line - line to convert

Returns:

command

Throws:

CoserBusinessException

addProjectContent

protected void addProjectContent(Project project,
                     AbstractDataContainer container,
                     CoserConstants.Category category,
                     DataStorage content,
                     boolean deletedContent)

Set content into project depending on category type.

Parameters:

project - project

category - category

content - content to set

deletedContent - if content means deleted objects for category

getProjectContent

protected DataStorage getProjectContent(Project project,
                            AbstractDataContainer container,
                            CoserConstants.Category category,
                            boolean deletedContent)

Set content into project depending on category type.

Parameters:

project - project

container - data container

category - category

deletedContent - if content means deleted objects for category

deleteData

public void deleteData(Project project,
              Control control,
              CoserConstants.Category category,
              String index,
              String commandUUID)
                throws CoserBusinessException

Supprime une données via son index. Used in control ui.

Parameters:

project - project

control - control

category - category

index - index to delete

commandUUID - command UUID

Throws:

CoserBusinessException

deleteData

public void deleteData(Project project,
              Control control,
              CoserConstants.Category category,
              String index)
                throws CoserBusinessException

Supprime une données via son index. Used in control ui.

Parameters:

project - project

control - control

category - category

index - index to delete

Throws:

CoserBusinessException

replaceFieldValue

public boolean replaceFieldValue(Project project,
                        CoserConstants.Category category,
                        String headerName,
                        String searchString,
                        String replaceString,
                        String[] data,
                        boolean isRegex,
                        String commandUUID)
                          throws CoserBusinessException

Replace une valeur d'un champs si nécéssaire. If currentValue is not equals to current data value for fieldName, no replacement is performed.

Parameters:

project - project

category - category

headerName - headerName

searchString - current value

replaceString - new value

data - current data

isRegex - is regex

commandUUID - commandUUID

Returns:

modification flag

Throws:

CoserBusinessException

replaceData

public void replaceData(Project project,
               Control control,
               CoserConstants.Category category,
               String[] data)
                 throws CoserBusinessException

Replace all bean data. Compare current and new value, and build command for each diff.

Parameters:

project - project

control - control

category - category

data - new data to set

Throws:

CoserBusinessException

loadControlDataToSelection

public Project loadControlDataToSelection(Project project,
                                 Selection selection)
                                   throws CoserBusinessException

Recharge les données de control et les copies dans la selection. Utilisé lors d'un rechargement utilisateur, ou lors de la mise à jour des années.

Parameters:

project - project

selection - selection to copy data to

Returns:

project

Throws:

CoserBusinessException

getProjectYears

public List<String> getProjectYears(Selection selection)

Find all defined year in model. Le parcours est fait sur le fichier "haul", c'est potentiellement le plus petit. Used in selection ui.

Parameters:

selection - selection to search into

Returns:

year list

filterDataYearsAndGetStrata

public List<String> filterDataYearsAndGetStrata(Project project,
                                       Selection selection,
                                       List<String> selectedYears)
                                         throws CoserBusinessException

Filter data on selected years and return resulting strata name sorted by names. This methods set Selection.setSelectedYears(List), and use it to known if control data need to be reloaded (don't set it yourself). Used in selection ui.

Parameters:

project - project

selection - selection

selectedYears - selected years

Returns:

zones

Throws:

CoserBusinessException

filterDataStrata

public void filterDataStrata(Project project,
                    Selection selection,
                    List<String> selectedStrata)

Update data to remove non selected strata. Attention, les identifiants des traits sont année/traits Le traits tout seul serait dupliquée.

Parameters:

project - project

selection - selection

selectedStrata - selected strata

getProjectSpeciesTypes

public Map<String,String> getProjectSpeciesTypes(Project project)

Retourne la liste des type d'especes definie dans le projet sous forme de map avec leur commentaire (sauf "Tous").

Parameters:

project - project to search into

Returns:

project species type

filterDataSpecies

public void filterDataSpecies(Project project,
                     Selection selection,
                     List<String> selectedSpecies)

Update data to remove non selected species.

Parameters:

project - project

selection - selection

selectedSpecies - selected species

getSpeciesWithSizeAllYears

public Collection<String> getSpeciesWithSizeAllYears(Selection selection)

Touve toutes les especes qui ont des tailles pour toutes les années.

Parameters:

selection - selection to search into

Returns:

year list

getSpeciesWithMaturity

public Collection<String> getSpeciesWithMaturity(Selection selection)

Recherche les especes qui ont au moins une maturité sur l'ensemble des données.

Parameters:

selection - selection to search into

Returns:

year list

getProjectSpecies

public List<String> getProjectSpecies(AbstractDataContainer container,
                             Project project,
                             Collection<String> filterSpecyType)

Get species name in project with data in [beginYear-endYear]. Used in selection ui. Cette liste est issue du fichier captures (petit fichier, mais suffisant). Les especes sont determinées : - en lisant les traits pour determiner les traits à partir des zones - en lisant les captures pour determiner les especes à partir des traits - en filtrant la liste des especes

Parameters:

container - data container

project - project (can be null, no filtering)

filterSpecyType - filterSpecyType (can be null, no filtering)

Returns:

species

isSpeciesNameExist

public boolean isSpeciesNameExist(Project project,
                         String newSpeciesName)

Test que le nom de la nouvelle espece existe dans le Reftax actuellement utilisé par le projet. Used in selection ui.

Parameters:

project - project (avec reftax)

newSpeciesName - species code to test

Returns:

true if specy name exist

mergeSpecies

public Project mergeSpecies(Project project,
                   Selection selection,
                   String newSpeciesName,
                   String comment,
                   String... speciesNames)
                     throws CoserBusinessException

Fusion d'especes. Used un selection ui.

Parameters:

project - project

selection - selection

newSpeciesName - new specy name (after merge)

comment - comment

speciesNames - species name to merge

Returns:

project

Throws:

CoserBusinessException

getSamplingEffort

public org.nuiton.math.matrix.MatrixND getSamplingEffort(Project project,
                                                Selection selection)

Effort d'échantillonnage: nombre de traits par strate par année. lengthunique=function(x){length(unique(x))} # nombre d'éléments unique dans x haulcount=tapply(TRAITS$Trait,list(stratum=TRAITS$Strate,year=TRAITS$Anneer),FUN=lengthunique) haulcount[is.na(haulcount)]=0 total=apply(haulcount,2,sum) haulcount=rbind(haulcount,total) if(language==2) tab=cbind(Strate=dimnames(haulcount)[[1]],haulcount) else tab=cbind(Stratum=dimnames(haulcount)[[1]],haulcount) Can return null if there is not enought data to build matrix.

Parameters:

project - project

selection - selection

Returns:

sampling effort as matrix

getOccurrence

public org.nuiton.math.matrix.MatrixND getOccurrence(Project project,
                                            Selection selection)

Occurrence : pourcentage des traits dans lesquels une espèce est présentes years=seq(min(CAPTURES$Annee), max(CAPTURES$Annee)) nyears=length(years) catch=CAPTURES[CAPTURES$Nombre>0,] #prendre seulement données positives #compter nombre de traits par année où chaque espèce est présent occurence=tapply(catch$Trait,list(species=catch$Espece,year=catch$Annee),lengthunique) occurrence[is.na(occurence)]<-0 rapport.func=function(x,v) {return (x/v);} #diviser nombre de traits avec présence par nombre total de traits pct.occur=apply(occurence,1,rapport.func,v=haulcount)# haulcount de 1) pct.occur=t(round(pct.occur*100,2)) # multiplier par 100 et arrondir à 2 décimales colnames(pct.occur)=colnames(haulcount) #affectation noms colonnes matrice rownames(pct.occur)=rownames(occur) #nom des espèces #calculerl l'occurrence moyenne à travers les années provi.oc=round(apply(pct.occur,1,mean),2) pct.occur=cbind(pct.occur,MeanOccurence=provi.oc)

Parameters:

project -

selection -

Returns:

occurence as matrix

getDensity

public org.nuiton.math.matrix.MatrixND getDensity(Project project,
                                         Selection selection)

Densité: nombre par km2 par espèce par année years=sort(unique(TRAITS$Annee)) #surface total pour toutes les strates totsurface=sum(STRATES$Surface) #ordonner table STRATES par nom des strates STRATES=STRATES[order(STRATES$Strate),] #combiner les 3 tables de données dans une seule table tab tab=merge(CAPTURES,STRATES,by.x=c("Annee","Trait"),by.y=c("Annee","Trait")) tab=merge(tab,TRAITS, by.x=c("Annee","Trait"),by.y=c("Annee","Trait")) species=sort(unique(CAPTURES$Espece)) #calculer la densité moyenne par année par strate par espèce densparstrate=tapply(tab$Nombre/tab$SurfaceBalayee,list(tab$Espece, tab$Annee, tab$Strate), mean) densparstrate[is.na(densparstrate)]=0 # remplace NA par 0 #surface par annee et strate et espèce surfaceparstrate=tapply(tab$Surface, list(tab$Espece, tab$Annee, tab$Strate), unique) #multiplier la densité par la surface de la strate pour obtenir nombre par année-strate nombreparstrate= surfaceparstrate* densparstrate #sommer nombre sur strates par année pour chaque espèce et diviser par surface totale densiteparannee=apply(nombreparstrate,c(1,2),sum)/totsurface #densité moyenne pour la période densitemoyenneespece=apply(densiteparanne,1,mean)

Parameters:

project - project

selection - selection

Returns:

density as matrix

getLengthStructure

public org.nuiton.math.matrix.MatrixND getLengthStructure(Project project,
                                                 AbstractDataContainer dataContainer)

Présentation du graphique : histogramme de distribution en tailles par espèce, par strate et par année (une planche par espèce et par année) pour toute la série. Avec la possibilité de voir regroupé l'ensemble des années. Données. TAILLES$Nombres et TAILLES$Longueur Calcul. Sommer TAILLES$Nombres par classe de longueur (TAILLES$Longueur) sur tous les traits d'une année (ou tous les années si regroupé) Seconde version : matrix proxy et provider. Cette methode utilise directement les noms de visualisation des especes au lieu de leurs codes (trop compliqué de faire un rendu basé sur le code).

Parameters:

project - project

dataContainer - data container

Returns:

matrix proxy with 4 dimension

fillLengthStructureMatrix

public void fillLengthStructureMatrix(Project project,
                             AbstractDataContainer dataContainer,
                             org.nuiton.math.matrix.MatrixND matrix)

Length structure matrix provider filler part.

Parameters:

project - project

dataContainer - data container

matrix - non proxy matrix to fill (inited with 0.0)

getHalfStepValue

protected double getHalfStepValue(double value)

Retourne la valeur au demi pas la plus proche. 38.0 > 38.0 38.1 > 38.0 38.6 > 38.5

Parameters:

value - value to get hasl step

Returns:

half step value

extractRSUfiData

public File extractRSUfiData(Project project,
                    Selection selection,
                    File directory,
                    boolean onlyDataTable)
                      throws CoserBusinessException

Extrait les données de la selection pour rSufi.

Parameters:

project - project

selection - selection

directory - directory to extract file to

onlyDataTable - extract only data table without additionnal information

Returns:

extracted directory

Throws:

CoserBusinessException

fillListSpeciesFile

protected void fillListSpeciesFile(Selection selection,
                       File ouputFile)
                            throws CoserBusinessException

Ecrit le fichier ListEspeces.txt dans le fichier specifiés. Est utilisé lors de l'extraction des données RSUfi et lors de la sauvegarde d'une selection validée (demande client).

Parameters:

selection - selection

ouputFile - output file

Throws:

CoserBusinessException - ection

getProjectSurveyName

public String getProjectSurveyName(File resultDirectory,
                          RSufiResult rSufiResult)
                            throws CoserBusinessException

Look for project survey name in rsufi result. Read estcomind file to known that. Used in webservice to know map file names.

Parameters:

resultDirectory - result directory

rSufiResult - rsufi result

Returns:

survey name

Throws:

CoserBusinessException

getStrataHaulCoordinate

public List<Coordinate> getStrataHaulCoordinate(Selection selection,
                                       Collection<String> strataCollection)
                                         throws CoserBusinessException

Get all strata's haul coordinates of given strata.

Parameters:

selection - project's selection

strataCollection - starta collection to get haul

Returns:

haul collection

Throws:

CoserBusinessException

Since:

1.1

getSelectionByProject

public SortedMap<String,List<String>> getSelectionByProject()

Retourne une map de toutes les selections par projet dans le but de selectionner une selection pour la rejouer dans l'ui.

Returns:

all selections

Since:

1.2

openSelection

public Selection openSelection(String projectName,
                      String selectionName)
                        throws CoserBusinessException

Open selection (without opening associated project) without associated data (just properties info). Selection history commands are loaded too (for replay).

Parameters:

projectName - project containing selection

selectionName - selection name to open in project

Returns:

opened selection

Throws:

CoserBusinessException

Since:

1.2

fillListsSelection

public void fillListsSelection(Selection selection,
                      List<String> selectedSpeciesOccDens,
                      List<String> selectedSpeciesSizeAllYear,
                      List<String> selectedSpeciesMaturity)

Definie dans la selection les listes L2 à L4 avec les 3 listes en parametres. Fait attention a ne pas conserver dans les listes des especes qui ne sont pas dans la liste L1 (liste de toutes les especes).

Parameters:

selection -

selectedSpeciesOccDens -

selectedSpeciesSizeAllYear -

selectedSpeciesMaturity -

Since:

1.2

getReftaxSpeciesDisplayFieldMap

public LinkedHashMap<String,String> getReftaxSpeciesDisplayFieldMap(Project project,
                                                           boolean outputField)

Retourne une map de transcription entre la valeur de stockage de l'espece et la valeur retranscrite à l'utilisateur suivant les préférences qu'il a renseigner dans le projet. La map est triée sur le "VALEUR" et non sur la clé (pour la visualisation soit triée suivant la représentation de l'utilisateur). Les données sont issues du reftax.

Parameters:

project - le projet pour avoir accès au reftax

outputField - meme algorithm, mais renvoi une map de correspondance pour le champ de sortie

Since:

1.3

editSelectionOptions

public void editSelectionOptions(Project project,
                        Selection selection,
                        List<File> othersFile)
                          throws CoserBusinessException

Save existing rsufi result.

Parameters:

project - project

selection - selection

rsufiResult - new result to save

Throws:

CoserBusinessException

Since:

1.4