| Package | Description |
|---|---|
| fr.ifremer.coser.bean |
Storage structure classes.
|
| fr.ifremer.coser.command |
Control specific classes.
|
| fr.ifremer.coser.services |
Services classes.
|
| fr.ifremer.coser.util.io |
| Modifier and Type | Field and Description |
|---|---|
protected Project |
RSufiResultPath.project
Final project.
|
| Modifier and Type | Method and Description |
|---|---|
Project |
RSufiResultPath.getProject()
Get project.
|
| Constructor and Description |
|---|
RSufiResultPath(Project project,
Selection selection,
RSufiResult rsufiResult)
Constructor with full path.
|
| Modifier and Type | Method and Description |
|---|---|
protected Project |
MergeSpeciesCommand.mergeCatch(Project project,
AbstractDataContainer container,
String newSpecyName,
String... speciesNames)
Fusion d'especes dans les données de taille.
|
protected Project |
MergeSpeciesCommand.mergeLength(Project project,
AbstractDataContainer container,
String newSpecyName,
String... speciesNames)
Fusion d'espece dans les données de captures.
|
| Modifier and Type | Method and Description |
|---|---|
abstract void |
Command.doCommand(Project project,
AbstractDataContainer container)
Do command on project.
|
void |
ModifyFieldCommand.doCommand(Project project,
AbstractDataContainer container) |
void |
MergeSpeciesCommand.doCommand(Project project,
AbstractDataContainer container) |
void |
DeleteLineCommand.doCommand(Project project,
AbstractDataContainer container) |
abstract String |
Command.getDescription(Project project,
AbstractDataContainer container)
Return human readable string for ui display (used in selection replay,
and undo redo commands).
|
String |
ModifyFieldCommand.getDescription(Project project,
AbstractDataContainer container) |
String |
MergeSpeciesCommand.getDescription(Project project,
AbstractDataContainer container) |
String |
DeleteLineCommand.getDescription(Project project,
AbstractDataContainer container) |
abstract String |
Command.getLogString(Project project,
AbstractDataContainer container)
Return human readable string for log output.
|
String |
ModifyFieldCommand.getLogString(Project project,
AbstractDataContainer container) |
String |
MergeSpeciesCommand.getLogString(Project project,
AbstractDataContainer container) |
String |
DeleteLineCommand.getLogString(Project project,
AbstractDataContainer container) |
protected Project |
MergeSpeciesCommand.mergeCatch(Project project,
AbstractDataContainer container,
String newSpecyName,
String... speciesNames)
Fusion d'especes dans les données de taille.
|
protected Project |
MergeSpeciesCommand.mergeLength(Project project,
AbstractDataContainer container,
String newSpecyName,
String... speciesNames)
Fusion d'espece dans les données de captures.
|
abstract void |
Command.undoCommand(Project project,
AbstractDataContainer container)
Undo command on project.
|
void |
ModifyFieldCommand.undoCommand(Project project,
AbstractDataContainer container) |
void |
MergeSpeciesCommand.undoCommand(Project project,
AbstractDataContainer container) |
void |
DeleteLineCommand.undoCommand(Project project,
AbstractDataContainer container) |
| Modifier and Type | Field and Description |
|---|---|
protected Project |
WebService.OneResultFileFilter.project
Doit etre un project chargé avec nom de fichier originaux.
|
| Modifier and Type | Method and Description |
|---|---|
Project |
ProjectService.createProject(Project project,
Map<CoserConstants.Category,File> categoriesAndFiles,
List<File> maps,
ProgressMonitor progress)
Create new project.
|
Project |
ProjectService.loadControlData(Project project)
Load control data in an initialized project.
|
Project |
ProjectService.loadControlDataToSelection(Project project,
Selection selection)
Recharge les données de control et les copies dans la selection.
|
Project |
ProjectService.loadSelectionData(File projectsDirectory,
Project project,
Selection selection)
Load selection data in an initialized project form specific directory.
|
Project |
ProjectService.loadSelectionData(Project project,
Selection selection)
Load selection data in an initialized project.
|
Project |
ProjectService.mergeSpecies(Project project,
Selection selection,
String newSpeciesName,
String comment,
String... speciesNames)
Fusion d'especes.
|
Project |
ProjectService.openProject(String projectName)
Open project without loading data.
|
Project |
ProjectService.openProject(String projectName,
File parentDirectory)
Open project without loading data.
|
protected Project |
ProjectService.updateProjectMaps(Project project,
File projectDirectory,
List<File> newMaps)
Update project maps with new maps.
|
| Modifier and Type | Method and Description |
|---|---|
protected void |
ProjectService.addProjectContent(Project project,
AbstractDataContainer container,
CoserConstants.Category category,
DataStorage content,
boolean deletedContent)
Set content into project depending on category type.
|
protected Selection |
ProjectService.copyControlDataToSelection(Project project,
Selection selection)
Copy loaded control data to new created selection.
|
Project |
ProjectService.createProject(Project project,
Map<CoserConstants.Category,File> categoriesAndFiles,
List<File> maps,
ProgressMonitor progress)
Create new project.
|
void |
ProjectService.createProjectSelection(Project project,
Selection selection)
Create and save project selection.
|
void |
ProjectService.deleteData(Project project,
Control control,
CoserConstants.Category category,
String index)
Supprime une données via son index.
|
void |
ProjectService.deleteData(Project project,
Control control,
CoserConstants.Category category,
String index,
String commandUUID)
Supprime une données via son index.
|
void |
ProjectService.deleteRSufiResult(Project project,
Selection selection,
RSufiResult rsufiResult)
Delete a rsufi result.
|
void |
CommandService.doAction(Command command,
Project project,
AbstractDataContainer container)
Perform command on project.
|
void |
ProjectService.editRsufiResults(Project project,
Selection selection,
RSufiResult rsufiResult,
List<File> othersFile)
Save existing rsufi result.
|
void |
ProjectService.editSelectionOptions(Project project,
Selection selection,
List<File> othersFile)
Save existing rsufi result.
|
File |
PublicationService.exportErrorsAsHTML(Project project,
AbstractDataContainer container,
List<ControlError> validationErrors)
Export la liste d'erreurs dans un fichier html avec la liste des graphes
si necessaire.
|
protected void |
PublicationService.exportErrorsAsHTML(Project project,
AbstractDataContainer container,
List<ControlError> validationErrors,
Writer out,
boolean includeProjectInfo)
Export la liste d'erreurs dans un fichier html avec la liste des graphes
si necessaire.
|
File |
PublicationService.extractControlLogAsHTML(Project project,
Control control)
Extrait les logs des modifications faites sur un control au format html.
|
protected void |
PublicationService.extractControlLogAsHTML(Project project,
Control control,
Writer out)
Extrait les logs des modifications faites sur un control au format html
dans un flux donné.
|
void |
PublicationService.extractControlLogAsPDF(Project project,
Control control,
List<ControlError> validationErrors,
File pdfFile)
Extrait les logs des modifications faites sur un control au format pdf.
|
protected void |
PublicationService.extractHistoryCommandReport(Project project,
AbstractDataContainer container,
Writer out)
Partie commune aux export qui effectue en 2 passe la recuperation
des lignes d'erreur, la recuperation des données correspondant à
ces lignes dans les fichiers originaux et la sortie des erreurs.
|
protected void |
PublicationService.extractProjectReport(Project project,
Writer out)
Extrait la partie "detail projet" vers le flux.
|
File |
ProjectService.extractRSUfiData(Project project,
Selection selection,
File directory,
boolean onlyDataTable)
Extrait les données de la selection pour rSufi.
|
File |
PublicationService.extractSelectionLogAsHTML(Project project,
Selection selection)
Extrait les logs des modifications faites sur une selection au format html.
|
protected void |
PublicationService.extractSelectionLogAsHTML(Project project,
Selection selection,
Writer out)
Extrait les logs des modifications faites sur une selection au format html
dans le flux donné.
|
void |
PublicationService.extractSelectionLogAsPDF(Project project,
Selection selection,
File pdfFile)
Extrait les logs des modifications faites sur une selection au format pdf.
|
void |
ProjectService.fillLengthStructureMatrix(Project project,
AbstractDataContainer dataContainer,
org.nuiton.math.matrix.MatrixND matrix)
Length structure matrix provider filler part.
|
void |
ProjectService.filterDataSpecies(Project project,
Selection selection,
List<String> selectedSpecies)
Update data to remove non selected species.
|
void |
ProjectService.filterDataStrata(Project project,
Selection selection,
List<String> selectedStrata)
Update data to remove non selected strata.
|
List<String> |
ProjectService.filterDataYearsAndGetStrata(Project project,
Selection selection,
List<String> selectedYears)
Filter data on selected years and return resulting strata name sorted
by names.
|
protected File |
WebService.generateMetaFilePDF(Project project,
Selection selection,
File resultDirectory,
RSufiResult rsufiResult,
String indicator,
Locale locale)
Deprecated.
Genere le fichier PDF d'information sur les espèces incluses dans les
calculs des indicateurs de communautés, à jointe à chaque téléchargement.
|
protected File |
WebService.generateSourceZip(Project project,
Selection selection,
File resultDirectory,
RSufiResult rSufiResult,
Locale locale)
Deprecated.
Generate zip for selection.
|
Map<String,org.jfree.chart.JFreeChart> |
PublicationService.getCompareCatchLengthGraph(Project project,
AbstractDataContainer container,
Collection<String> speciesCollection)
Retourne les graphiques de comparaison entre le nombre de capture et
le nombre dans les tailles pour toutes les especes.
|
protected String |
CommonService.getDataStorageFileName(Project project,
CoserConstants.Category category,
String suffix)
Deprecated.
since 1.5, use now
Project#getDataStorageFileName(Category, String) |
org.nuiton.math.matrix.MatrixND |
ProjectService.getDensity(Project project,
Selection selection)
Densité: nombre par km2 par espèce par année
years=sort(unique(TRAITS$Annee))
#surface total pour toutes les strates
totsurface=sum(STRATES$Surface)
#ordonner table STRATES par nom des strates
STRATES=STRATES[order(STRATES$Strate),]
#combiner les 3 tables de données dans une seule table tab
tab=merge(CAPTURES,STRATES,by.x=c("Annee","Trait"),by.y=c("Annee","Trait"))
tab=merge(tab,TRAITS, by.x=c("Annee","Trait"),by.y=c("Annee","Trait"))
species=sort(unique(CAPTURES$Espece))
#calculer la densité moyenne par année par strate par espèce
densparstrate=tapply(tab$Nombre/tab$SurfaceBalayee,list(tab$Espece, tab$Annee, tab$Strate), mean)
densparstrate[is.na(densparstrate)]=0 # remplace NA par 0
#surface par annee et strate et espèce
surfaceparstrate=tapply(tab$Surface, list(tab$Espece, tab$Annee, tab$Strate), unique)
#multiplier la densité par la surface de la strate pour obtenir nombre par année-strate
nombreparstrate= surfaceparstrate* densparstrate
#sommer nombre sur strates par année pour chaque espèce et diviser par surface totale
densiteparannee=apply(nombreparstrate,c(1,2),sum)/totsurface
#densité moyenne pour la période
densitemoyenneespece=apply(densiteparanne,1,mean)
|
DataStorage |
CommonService.getEmptyStorage(Project project,
CoserConstants.Category category)
Get empty storage for category (filled with just header)
|
org.nuiton.math.matrix.MatrixND |
ProjectService.getLengthStructure(Project project,
AbstractDataContainer dataContainer)
Présentation du graphique : histogramme de distribution en tailles par
espèce, par strate et par année (une planche par espèce et par année)
pour toute la série.
|
org.nuiton.math.matrix.MatrixND |
ProjectService.getOccurrence(Project project,
Selection selection)
Occurrence : pourcentage des traits dans lesquels une espèce est présentes
years=seq(min(CAPTURES$Annee), max(CAPTURES$Annee))
nyears=length(years)
catch=CAPTURES[CAPTURES$Nombre>0,] #prendre seulement données positives
#compter nombre de traits par année où chaque espèce est présent
occurence=tapply(catch$Trait,list(species=catch$Espece,year=catch$Annee),lengthunique)
occurrence[is.na(occurence)]<-0
rapport.func=function(x,v) {return (x/v);}
#diviser nombre de traits avec présence par nombre total de traits
pct.occur=apply(occurence,1,rapport.func,v=haulcount)# haulcount de 1)
pct.occur=t(round(pct.occur*100,2)) # multiplier par 100 et arrondir à 2 décimales
colnames(pct.occur)=colnames(haulcount) #affectation noms colonnes matrice
rownames(pct.occur)=rownames(occur) #nom des espèces
#calculerl l'occurrence moyenne à travers les années
provi.oc=round(apply(pct.occur,1,mean),2)
pct.occur=cbind(pct.occur,MeanOccurence=provi.oc)
|
Map<String,String[]> |
CommonService.getOriginalContent(Project project,
CoserConstants.Category category,
Collection<String> lines)
Lit tout le fichier associé à la categorie demandé, mais ne retourne
que les données correspondant au numéro de lignes demandée.
|
protected DataStorage |
ProjectService.getProjectContent(Project project,
AbstractDataContainer container,
CoserConstants.Category category,
boolean deletedContent)
Set content into project depending on category type.
|
List<String> |
ProjectService.getProjectSpecies(AbstractDataContainer container,
Project project,
Collection<String> filterSpecyType)
Get species name in project with data in [
beginYear-endYear]. |
Map<String,String> |
ProjectService.getProjectSpeciesTypes(Project project)
Retourne la liste des type d'especes definie dans le projet sous forme
de map avec leur commentaire (sauf "Tous").
|
LinkedHashMap<String,String> |
ProjectService.getReftaxSpeciesDisplayFieldMap(Project project,
boolean outputField)
Retourne une map de transcription entre la valeur de stockage de l'espece
et la valeur retranscrite à l'utilisateur suivant les préférences qu'il
a renseigner dans le projet.
|
String |
CommonService.getReportDisplayName(Project project,
String species)
Retourne le nom d'affichage d'une especes pour les rapports.
|
File |
PublicationService.getRsufiResultComChart(Project project,
File resultDirectory,
RSufiResult rsufiResult,
File codeTypeEspecesFile,
String indicator,
String list,
String zoneDisplayName,
String indicatorName,
String unit,
Locale locale)
Generate community graph for selected indicator.
|
Map<String,Object[]> |
PublicationService.getRsufiResultComCharts(Project project,
File resultDirectory,
RSufiResult rsufiResult,
File codeTypeEspecesFile,
Collection<String> indicators,
String zoneDisplayName,
org.apache.commons.collections4.map.MultiKeyMap indicatorMap,
Locale locale,
int width,
int height)
Generate community graph for selected indicators.
|
File |
PublicationService.getRsufiResultPopChart(Project project,
File resultDirectory,
RSufiResult rsufiResult,
String species,
String indicator,
String zoneDisplayName,
String indicatorName,
String unit,
Locale locale)
Generate population graph for selected species and indicator.
|
Map<String,Object[]> |
PublicationService.getRsufiResultPopCharts(Project project,
File resultDirectory,
RSufiResult rsufiResult,
Collection<String> species,
Collection<String> indicators,
String zoneDisplayName,
org.apache.commons.collections4.map.MultiKeyMap indicatorMap,
Locale locale,
int width,
int height)
Generate population graph for selected species and indicator.
|
protected Map<String,String> |
WebService.getRsufiResultSpecies(Project project,
File resultDirectory,
RSufiResult rsufiResult)
Deprecated.
Recupere la liste de toutes les especes nom sci et nom off à partir
d'un resultat.
|
org.nuiton.math.matrix.MatrixND |
ProjectService.getSamplingEffort(Project project,
Selection selection)
Effort d'échantillonnage: nombre de traits par strate par année.
|
protected String |
ControlService.getSignificantData(Project project,
CoserConstants.Category category,
String[] data)
Retourne sous forme de clé la partie significative des données.
|
Selection |
ProjectService.initProjectSelection(Project project)
Creer une instance de selection "non sauvegardee" avec les données
de control (validée) du projet.
|
Selection |
ProjectService.initProjectSelectionFromFile(Project project,
File selectionFile)
Initialise une nouvelle selection à partir des données de controle
et de la definition de la selection du fichier fournit.
|
boolean |
ProjectService.isSpeciesNameExist(Project project,
String newSpeciesName)
Test que le nom de la nouvelle espece existe dans le Reftax actuellement
utilisé par le projet.
|
Project |
ProjectService.loadControlData(Project project)
Load control data in an initialized project.
|
Project |
ProjectService.loadControlDataToSelection(Project project,
Selection selection)
Recharge les données de control et les copies dans la selection.
|
DataStorage |
CommonService.loadCSVFile(Project project,
CoserConstants.Category category,
File file)
Load file as csv.
|
DataStorage |
CommonService.loadCSVFile(Project project,
CoserConstants.Category category,
File file,
ProgressMonitor progress)
Load file as csv.
|
DataStorage |
CommonService.loadCSVFile(Project project,
CoserConstants.Category category,
File file,
ProgressMonitor progress,
boolean originalLoading)
Load file as csv.
|
Project |
ProjectService.loadSelectionData(File projectsDirectory,
Project project,
Selection selection)
Load selection data in an initialized project form specific directory.
|
Project |
ProjectService.loadSelectionData(Project project,
Selection selection)
Load selection data in an initialized project.
|
Project |
ProjectService.mergeSpecies(Project project,
Selection selection,
String newSpeciesName,
String comment,
String... speciesNames)
Fusion d'especes.
|
void |
ProjectService.replaceData(Project project,
Control control,
CoserConstants.Category category,
String[] data)
Replace all bean data.
|
boolean |
ProjectService.replaceFieldValue(Project project,
CoserConstants.Category category,
String headerName,
String searchString,
String replaceString,
String[] data,
boolean isRegex,
String commandUUID)
Replace une valeur d'un champs si nécéssaire.
|
void |
ProjectService.saveProject(Project project,
List<File> maps)
Sauve seulement les informations concernant le projet et les cartes
si elle ont été modifiée par rapport à la liste des cartes actuellement
dans le projet.
|
void |
ProjectService.saveProjectControl(Project project)
Enregistre les fichiers de données apres validation.
|
void |
ProjectService.saveProjectSelection(Project project,
Selection selection)
Save project selection.
|
void |
ProjectService.saveRsufiResults(Project project,
Selection selection,
RSufiResult rsufiResult,
List<File> othersFiles)
Create new rsufi result list in directory structure.
|
void |
CommandService.undoAction(Project project,
AbstractDataContainer container)
Undo last command on container.
|
void |
CommandService.undoAction(Project project,
AbstractDataContainer container,
int commandsCount)
Undo specified command count on container.
|
protected Project |
ProjectService.updateProjectMaps(Project project,
File projectDirectory,
List<File> newMaps)
Update project maps with new maps.
|
protected List<ControlError> |
ControlService.validateCategorySpecific(Project project,
Control control,
CoserConstants.Category category,
ProgressMonitor progress)
Effectue un calcul global, mais specific a chaque categorie.
|
protected List<ControlError> |
ControlService.validateCategorySpecificCatch(Project project,
Control control,
ProgressMonitor progress)
Alerte si Somme(CAPTURES$Nombre par CAPTURES$Annee|Strate|Espece) < nobsmin.
|
protected List<ControlError> |
ControlService.validateCategorySpecificHaul(Project project,
Control control,
ProgressMonitor progress)
Specific validation for Haul category.
|
protected List<ControlError> |
ControlService.validateCategorySpecificLength(Project project,
Control control,
ProgressMonitor progress)
Alerte si Somme(TAILLES$Nombre par TAILLES$Annee|Strate|Espece) < nobsmin
Warning sur les tailles aberrantes par espèce:
premiere passe pour calculer l'écart type et la moyenne par espèce
seconde passe pour détecter les valeurs abérentes (> ecart type)
L'ecart étant : racine( somme (x - moyenne)^2 / n)
|
protected List<ControlError> |
ControlService.validateCategorySpecificStrata(Project project,
Control control,
ProgressMonitor progress)
Specific validation for Strata category.
|
List<ControlError> |
ControlService.validateCategoryXWork(Project project,
Control control,
CoserConstants.Category category,
ProgressMonitor progress)
Valide une category entière d'un project.
|
List<ControlError> |
ControlService.validateData(Project project,
Control control,
ProgressMonitor progress)
Valide toutes les données du projet.
|
protected List<? extends ControlError> |
ControlService.validateDiffCatchLength(Project project,
Control control,
ProgressMonitor progress)
Detecte des différences entre les nombres dans captures
et les nombres dans taille.
|
protected List<ControlError> |
ControlService.validationCrossFiles(Project project,
Control control,
ProgressMonitor progress)
Validation par croisement de fichiers.
|
void |
ProjectService.validControl(Project project,
List<ControlError> validationErrors)
Marque le controle comme valider et sauve le projet.
|
void |
ProjectService.validSelection(Project project,
Selection selection)
Marque la selection comme validée et sauve le projet.
|
| Constructor and Description |
|---|
WebService.OneResultFileFilter(File projectsDirectory,
Project project,
Selection selection,
RSufiResult rsufi,
boolean exportWithData) |
| Modifier and Type | Field and Description |
|---|---|
protected Project |
OneRSufiResultFileFilter.project
Doit etre un project chargé avec nom de fichier originaux.
|
| Constructor and Description |
|---|
OneRSufiResultFileFilter(File projectsDirectory,
Project project,
Selection selection,
RSufiResult rsufi,
boolean exportWithData) |
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