Uses of Class
fr.ifremer.coser.bean.Selection

Packages that use Selection

Package	Description
fr.ifremer.coser.bean	Storage structure classes.
fr.ifremer.coser.services	Services classes.
fr.ifremer.coser.util.io

Uses of Selection in fr.ifremer.coser.bean

Fields in fr.ifremer.coser.bean declared as Selection

Modifier and Type	Field and Description
protected Selection	RSufiResultPath.selection Final selection.

Fields in fr.ifremer.coser.bean with type parameters of type Selection

Modifier and Type	Field and Description
protected Map<String,Selection>	Project.selections Project selections.

Methods in fr.ifremer.coser.bean that return Selection

Modifier and Type	Method and Description
Selection	RSufiResultPath.getSelection() Get selection.

Methods in fr.ifremer.coser.bean that return types with arguments of type Selection

Modifier and Type	Method and Description
Map<String,Selection>	Project.getSelections()

Methods in fr.ifremer.coser.bean with parameters of type Selection

Modifier and Type	Method and Description
void	Project.addSelections(Selection selection)

Method parameters in fr.ifremer.coser.bean with type arguments of type Selection

Modifier and Type	Method and Description
void	Project.setSelections(Map<String,Selection> selections)

Constructors in fr.ifremer.coser.bean with parameters of type Selection

Constructor and Description
RSufiResultPath(Project project, Selection selection, RSufiResult rsufiResult) Constructor with full path.

Uses of Selection in fr.ifremer.coser.services

Fields in fr.ifremer.coser.services declared as Selection

Modifier and Type	Field and Description
protected Selection	WebService.OneResultFileFilter.selection

Methods in fr.ifremer.coser.services that return Selection

Modifier and Type	Method and Description
protected Selection	ProjectService.copyControlDataToSelection(Project project, Selection selection) Copy loaded control data to new created selection.
Selection	ProjectService.initProjectSelection(Project project) Creer une instance de selection "non sauvegardee" avec les données de control (validée) du projet.
Selection	ProjectService.initProjectSelectionFromFile(Project project, File selectionFile) Initialise une nouvelle selection à partir des données de controle et de la definition de la selection du fichier fournit.
Selection	ProjectService.openSelection(String projectName, String selectionName) Open selection (without opening associated project) without associated data (just properties info).

Methods in fr.ifremer.coser.services with parameters of type Selection

Modifier and Type	Method and Description
protected Selection	ProjectService.copyControlDataToSelection(Project project, Selection selection) Copy loaded control data to new created selection.
void	ProjectService.createProjectSelection(Project project, Selection selection) Create and save project selection.
void	ProjectService.deleteRSufiResult(Project project, Selection selection, RSufiResult rsufiResult) Delete a rsufi result.
void	ProjectService.editRsufiResults(Project project, Selection selection, RSufiResult rsufiResult, List<File> othersFile) Save existing rsufi result.
void	ProjectService.editSelectionOptions(Project project, Selection selection, List<File> othersFile) Save existing rsufi result.
File	ProjectService.extractRSUfiData(Project project, Selection selection, File directory, boolean onlyDataTable) Extrait les données de la selection pour rSufi.
File	PublicationService.extractSelectionLogAsHTML(Project project, Selection selection) Extrait les logs des modifications faites sur une selection au format html.
protected void	PublicationService.extractSelectionLogAsHTML(Project project, Selection selection, Writer out) Extrait les logs des modifications faites sur une selection au format html dans le flux donné.
void	PublicationService.extractSelectionLogAsPDF(Project project, Selection selection, File pdfFile) Extrait les logs des modifications faites sur une selection au format pdf.
protected void	ProjectService.fillListSpeciesFile(Selection selection, File ouputFile) Ecrit le fichier ListEspeces.txt dans le fichier specifiés.
void	ProjectService.fillListsSelection(Selection selection, List<String> selectedSpeciesOccDens, List<String> selectedSpeciesSizeAllYear, List<String> selectedSpeciesMaturity) Definie dans la selection les listes L2 à L4 avec les 3 listes en parametres.
void	ProjectService.filterDataSpecies(Project project, Selection selection, List<String> selectedSpecies) Update data to remove non selected species.
void	ProjectService.filterDataStrata(Project project, Selection selection, List<String> selectedStrata) Update data to remove non selected strata.
List<String>	ProjectService.filterDataYearsAndGetStrata(Project project, Selection selection, List<String> selectedYears) Filter data on selected years and return resulting strata name sorted by names.
protected File	WebService.generateMetaFilePDF(Project project, Selection selection, File resultDirectory, RSufiResult rsufiResult, String indicator, Locale locale) Deprecated. Genere le fichier PDF d'information sur les espèces incluses dans les calculs des indicateurs de communautés, à jointe à chaque téléchargement.
protected File	WebService.generateSourceZip(Project project, Selection selection, File resultDirectory, RSufiResult rSufiResult, Locale locale) Deprecated. Generate zip for selection.
org.nuiton.math.matrix.MatrixND	ProjectService.getDensity(Project project, Selection selection) Densité: nombre par km2 par espèce par année years=sort(unique(TRAITS$Annee)) #surface total pour toutes les strates totsurface=sum(STRATES$Surface) #ordonner table STRATES par nom des strates STRATES=STRATES[order(STRATES$Strate),] #combiner les 3 tables de données dans une seule table tab tab=merge(CAPTURES,STRATES,by.x=c("Annee","Trait"),by.y=c("Annee","Trait")) tab=merge(tab,TRAITS, by.x=c("Annee","Trait"),by.y=c("Annee","Trait")) species=sort(unique(CAPTURES$Espece)) #calculer la densité moyenne par année par strate par espèce densparstrate=tapply(tab$Nombre/tab$SurfaceBalayee,list(tab$Espece, tab$Annee, tab$Strate), mean) densparstrate[is.na(densparstrate)]=0 # remplace NA par 0 #surface par annee et strate et espèce surfaceparstrate=tapply(tab$Surface, list(tab$Espece, tab$Annee, tab$Strate), unique) #multiplier la densité par la surface de la strate pour obtenir nombre par année-strate nombreparstrate= surfaceparstrate* densparstrate #sommer nombre sur strates par année pour chaque espèce et diviser par surface totale densiteparannee=apply(nombreparstrate,c(1,2),sum)/totsurface #densité moyenne pour la période densitemoyenneespece=apply(densiteparanne,1,mean)
org.nuiton.math.matrix.MatrixND	ProjectService.getOccurrence(Project project, Selection selection) Occurrence : pourcentage des traits dans lesquels une espèce est présentes years=seq(min(CAPTURES$Annee), max(CAPTURES$Annee)) nyears=length(years) catch=CAPTURES[CAPTURES$Nombre>0,] #prendre seulement données positives #compter nombre de traits par année où chaque espèce est présent occurence=tapply(catch$Trait,list(species=catch$Espece,year=catch$Annee),lengthunique) occurrence[is.na(occurence)]<-0 rapport.func=function(x,v) {return (x/v);} #diviser nombre de traits avec présence par nombre total de traits pct.occur=apply(occurence,1,rapport.func,v=haulcount)# haulcount de 1) pct.occur=t(round(pct.occur*100,2)) # multiplier par 100 et arrondir à 2 décimales colnames(pct.occur)=colnames(haulcount) #affectation noms colonnes matrice rownames(pct.occur)=rownames(occur) #nom des espèces #calculerl l'occurrence moyenne à travers les années provi.oc=round(apply(pct.occur,1,mean),2) pct.occur=cbind(pct.occur,MeanOccurence=provi.oc)
List<String>	ProjectService.getProjectYears(Selection selection) Find all defined year in model.
org.nuiton.math.matrix.MatrixND	ProjectService.getSamplingEffort(Project project, Selection selection) Effort d'échantillonnage: nombre de traits par strate par année.
Collection<String>	ProjectService.getSpeciesWithMaturity(Selection selection) Recherche les especes qui ont au moins une maturité sur l'ensemble des données.
Collection<String>	ProjectService.getSpeciesWithSizeAllYears(Selection selection) Touve toutes les especes qui ont des tailles pour toutes les années.
List<Coordinate>	ProjectService.getStrataHaulCoordinate(Selection selection, Collection<String> strataCollection) Get all strata's haul coordinates of given strata.
Project	ProjectService.loadControlDataToSelection(Project project, Selection selection) Recharge les données de control et les copies dans la selection.
Project	ProjectService.loadSelectionData(File projectsDirectory, Project project, Selection selection) Load selection data in an initialized project form specific directory.
Project	ProjectService.loadSelectionData(Project project, Selection selection) Load selection data in an initialized project.
Project	ProjectService.mergeSpecies(Project project, Selection selection, String newSpeciesName, String comment, String... speciesNames) Fusion d'especes.
void	ProjectService.saveProjectSelection(Project project, Selection selection) Save project selection.
void	ProjectService.saveRsufiResults(Project project, Selection selection, RSufiResult rsufiResult, List<File> othersFiles) Create new rsufi result list in directory structure.
void	ProjectService.validSelection(Project project, Selection selection) Marque la selection comme validée et sauve le projet.

Constructors in fr.ifremer.coser.services with parameters of type Selection

Constructor and Description
WebService.OneResultFileFilter(File projectsDirectory, Project project, Selection selection, RSufiResult rsufi, boolean exportWithData)

Uses of Selection in fr.ifremer.coser.util.io

Fields in fr.ifremer.coser.util.io declared as Selection

Modifier and Type	Field and Description
protected Selection	OneRSufiResultFileFilter.selection

Constructors in fr.ifremer.coser.util.io with parameters of type Selection

Constructor and Description
OneRSufiResultFileFilter(File projectsDirectory, Project project, Selection selection, RSufiResult rsufi, boolean exportWithData)