| Package | Description |
|---|---|
| fr.ifremer.coser.command |
Control specific classes.
|
| fr.ifremer.coser.result.repository.legacy |
Implementation for legacy result repository.
|
| fr.ifremer.coser.services |
Services classes.
|
| Modifier and Type | Method and Description |
|---|---|
abstract void |
Command.doCommand(Project project,
AbstractDataContainer container)
Do command on project.
|
void |
ModifyFieldCommand.doCommand(Project project,
AbstractDataContainer container) |
void |
MergeSpeciesCommand.doCommand(Project project,
AbstractDataContainer container) |
void |
DeleteLineCommand.doCommand(Project project,
AbstractDataContainer container) |
abstract void |
Command.undoCommand(Project project,
AbstractDataContainer container)
Undo command on project.
|
void |
ModifyFieldCommand.undoCommand(Project project,
AbstractDataContainer container) |
void |
MergeSpeciesCommand.undoCommand(Project project,
AbstractDataContainer container) |
void |
DeleteLineCommand.undoCommand(Project project,
AbstractDataContainer container) |
| Modifier and Type | Method and Description |
|---|---|
protected Set<LegacyResultRepository> |
LegacyResultRepositoryProvider.findAllProjectWithResult()
Retourne tous les projets qui ont des résultats.
|
| Modifier and Type | Method and Description |
|---|---|
protected void |
ProjectService.addHistoryCommandsToProperties(Properties props,
List<Command> historyCommand,
String propertyPrefix)
Sauve une liste ordonnées de commande dans le fichier specifié.
|
protected void |
WebService.checkDataCollision(Collection<RSufiResultPath> selectedResults)
Deprecated.
Met à jour les fichiers de propriétés des resultats (maps, dataSource)
and check for duplicated couple (zoneid/resulttype (map) upload).
|
protected void |
CommonService.checkFileHeader(File file,
CoserConstants.Category category,
String[] line)
Check csv file header names and order depending on file category.
|
protected void |
WebService.cleanCurrentProjectDirectory(File projectsDirectory,
Collection<String> newResultIds)
Deprecated.
Fait le menage dans le dossier courant des projets en supprimant
tout les resulat qui ont un result id present dans la liste
newResultIds. |
protected void |
WebResultService.cleanCurrentProjectDirectory(ProjectService projectService,
File projectsDirectory,
Collection<String> newResultIds)
Fait le menage dans le dossier courant des projets en supprimant
tout les resulat qui ont un result id present dans la liste
newResultIds. |
protected Command |
ProjectService.convertLineToCommand(String line)
Convert a string line to parameterized command.
|
Project |
ProjectService.createProject(Project project,
Map<CoserConstants.Category,File> categoriesAndFiles,
List<File> maps,
ProgressMonitor progress)
Create new project.
|
void |
ProjectService.createProjectSelection(Project project,
Selection selection)
Create and save project selection.
|
void |
ProjectService.deleteData(Project project,
Control control,
CoserConstants.Category category,
String index)
Supprime une données via son index.
|
void |
ProjectService.deleteData(Project project,
Control control,
CoserConstants.Category category,
String index,
String commandUUID)
Supprime une données via son index.
|
void |
WebService.deleteIndicatorsResult(List<String> deleteZoneId)
Deprecated.
Supprime des résultats par leur identifiant de zone de ratachement (car
un seul resultat par zone).
|
void |
WebService.deleteMapsResult(List<String> deleteZoneId)
Deprecated.
Supprime des résultats par leur identifiant de zone de ratachement (car
un seul resultat par zone).
|
void |
ProjectService.deleteRSufiResult(Project project,
Selection selection,
RSufiResult rsufiResult)
Delete a rsufi result.
|
void |
CommandService.doAction(Command command,
Project project,
AbstractDataContainer container)
Perform command on project.
|
void |
ProjectService.editRsufiResults(Project project,
Selection selection,
RSufiResult rsufiResult,
List<File> othersFile)
Save existing rsufi result.
|
void |
ProjectService.editSelectionOptions(Project project,
Selection selection,
List<File> othersFile)
Save existing rsufi result.
|
File |
PublicationService.exportErrorsAsHTML(Project project,
AbstractDataContainer container,
List<ControlError> validationErrors)
Export la liste d'erreurs dans un fichier html avec la liste des graphes
si necessaire.
|
protected void |
PublicationService.exportErrorsAsHTML(Project project,
AbstractDataContainer container,
List<ControlError> validationErrors,
Writer out,
boolean includeProjectInfo)
Export la liste d'erreurs dans un fichier html avec la liste des graphes
si necessaire.
|
protected org.apache.commons.collections4.map.MultiKeyMap |
WebService.extractCharts(Collection<String> zones,
Collection<String> species,
Collection<String> comIndicators,
Collection<String> popIndicators,
Locale locale)
Deprecated.
Retourne les indicateurs calculés avec leurs traductions scientifique
pour la zone et l'especes souhaitées.
|
File |
PublicationService.extractControlLogAsHTML(Project project,
Control control)
Extrait les logs des modifications faites sur un control au format html.
|
protected void |
PublicationService.extractControlLogAsHTML(Project project,
Control control,
Writer out)
Extrait les logs des modifications faites sur un control au format html
dans un flux donné.
|
void |
PublicationService.extractControlLogAsPDF(Project project,
Control control,
List<ControlError> validationErrors,
File pdfFile)
Extrait les logs des modifications faites sur un control au format pdf.
|
File |
WebService.extractData(List<String> zones,
List<DataType> types,
List<String> species,
List<String> comIndicators,
List<String> popIndicators,
Locale locale)
Deprecated.
Extrait de toutes les données les informations demandées restreintes
sur certaines zone, certaines espèces et certains indicateurs.
|
protected org.apache.commons.collections4.map.MultiKeyMap |
WebService.extractDataMap(Collection<String> zones,
Collection<String> species)
Deprecated.
Extrait les cartes.
|
protected void |
PublicationService.extractHistoryCommandReport(Project project,
AbstractDataContainer container,
Writer out)
Partie commune aux export qui effectue en 2 passe la recuperation
des lignes d'erreur, la recuperation des données correspondant à
ces lignes dans les fichiers originaux et la sortie des erreurs.
|
File |
ProjectService.extractRSUfiData(Project project,
Selection selection,
File directory,
boolean onlyDataTable)
Extrait les données de la selection pour rSufi.
|
File |
PublicationService.extractSelectionLogAsHTML(Project project,
Selection selection)
Extrait les logs des modifications faites sur une selection au format html.
|
protected void |
PublicationService.extractSelectionLogAsHTML(Project project,
Selection selection,
Writer out)
Extrait les logs des modifications faites sur une selection au format html
dans le flux donné.
|
void |
PublicationService.extractSelectionLogAsPDF(Project project,
Selection selection,
File pdfFile)
Extrait les logs des modifications faites sur une selection au format pdf.
|
protected File |
WebService.extractSource(Collection<String> zones,
File directory)
Deprecated.
Genere un fichier zip des sources d'un projet.
|
protected void |
ProjectService.fillListSpeciesFile(Selection selection,
File ouputFile)
Ecrit le fichier ListEspeces.txt dans le fichier specifiés.
|
List<String> |
ProjectService.filterDataYearsAndGetStrata(Project project,
Selection selection,
List<String> selectedYears)
Filter data on selected years and return resulting strata name sorted
by names.
|
List<GlobalResult> |
ClientResultService.findAllProjectWithResult(Date beginDate,
Date endDate,
boolean onlyPubliableResult)
Retourne tous les projets qui ont des résultats.
|
List<RSufiResultPath> |
WebService.findAllProjectWithResult(Date beginDate,
Date endDate,
boolean onlyPubliableResult)
Deprecated.
Retourne tous les projets qui ont des résultats.
|
File |
WebService.generateDechargePDF(File disclamerPdf,
File resultDirectory,
RSufiResult rSufiResult,
Locale locale)
Deprecated.
Genere le PDF dynamique de decharge à partir du template freemarker.
|
protected void |
WebService.generateExtractPDF(File directory,
List<String> zones,
org.apache.commons.collections4.map.MultiKeyMap pdfMaps,
org.apache.commons.collections4.map.MultiKeyMap pdfCharts,
Locale locale)
Deprecated.
Generate pdf file filled with maps and charts.
|
protected File |
WebService.generateMetaFilePDF(Project project,
Selection selection,
File resultDirectory,
RSufiResult rsufiResult,
String indicator,
Locale locale)
Deprecated.
Genere le fichier PDF d'information sur les espèces incluses dans les
calculs des indicateurs de communautés, à jointe à chaque téléchargement.
|
protected File |
WebService.generateSourceZip(Project project,
Selection selection,
File resultDirectory,
RSufiResult rSufiResult,
Locale locale)
Deprecated.
Generate zip for selection.
|
File |
WebService.getChart(String zone,
String species,
String indicator,
String list,
Locale locale)
Deprecated.
Retourne les indicateurs calculés avec leurs traductions scientifique
pour la zone et l'especes souhaitées.
|
File |
WebService.getChartData(String zone,
String species,
String indicator,
String list,
Locale locale)
Deprecated.
Retourne les indicateurs calculés avec leurs traductions scientifique
pour la zone et l'especes souhaitées.
|
protected File |
WebService.getChartDataFile(File projectsDirectory,
File projectDirectory,
File selectionDirectory,
File resultDirectory,
RSufiResult rSufiResult,
String species,
String indicator,
String list,
Locale locale)
Deprecated.
Generate chart data (as csv for population and as zip for community).
|
protected FileFilter |
WebService.getCopyFileFilter(File scanDirectory,
boolean mapResults)
Deprecated.
Retourne un file filter qui ne copiera que les dossiers resultat
correspondant au type demandé.
|
protected FileFilter |
WebResultService.getCopyFileFilter(ProjectService projectService,
File scanDirectory,
boolean mapResults)
Retourne un file filter qui ne copiera que les dossiers resultat
correspondant au type demandé.
|
Map<String,String> |
WebService.getFacades()
Deprecated.
Get facades list (as facadeid/facadename).
|
protected List<Command> |
ProjectService.getHistoryCommandsFromProperties(Properties props,
String propertyPrefix)
Load history command list from file.
|
Map<String,String> |
WebService.getIndicatorLists(String zone,
String indicator,
Locale locale)
Deprecated.
Retourne les listes sur lequel l'indicateur fournit a ete calculé.
|
Map<String,String> |
WebService.getIndicators(Collection<String> zones,
DataType dataType,
Locale locale)
Deprecated.
Retourne les indicateurs calculés avec leurs traductions scientifique
pour les zones souhaitées.
|
Map<String,String> |
WebService.getIndicators(String zone,
String species,
Locale locale)
Deprecated.
Retourne les indicateurs calculés avec leurs traductions scientifique
pour la zone et l'especes souhaitées.
|
protected org.apache.commons.collections4.map.MultiKeyMap |
WebService.getIndicatorsMap()
Deprecated.
Charge les indicateurs disponible depuis le fichier des indicateurs.
|
Map<String,String> |
WebService.getIndicatorsResultsPerZone()
Deprecated.
Recupere dans le repertoire des projets d'indicateur les resultats
disponible par zone (il ne peut y en avoir qu'un par zone).
|
protected String |
WebService.getIndicatorValue(String indicator,
String localeCode)
Deprecated.
Get indicator translation by checking correct locale.
|
Date |
WebService.getLastDataUpdateDate()
Deprecated.
Retourne la date de dernière mise à jour des données du site web.
|
File |
WebService.getMapFile(String zone,
String species)
Deprecated.
Recupere le fichier image de la carte demandées en fonction de la zone
et de l'espece.
|
Map<String,String> |
WebService.getMapsResultsPerZone()
Deprecated.
Recupere dans le repertoire des projets d'indicateur les resultats
disponible par zone (il ne peut y en avoir qu'un par zone).
|
Map<String,String[]> |
CommonService.getOriginalContent(Project project,
CoserConstants.Category category,
Collection<String> lines)
Lit tout le fichier associé à la categorie demandé, mais ne retourne
que les données correspondant au numéro de lignes demandée.
|
Map<String,String[]> |
CommonService.getOriginalFileContent(File file,
Collection<String> lines)
Lit le fichier demandé et sauve dans une map les lignes demandées.
|
String |
ProjectService.getProjectSurveyName(File resultDirectory,
RSufiResult rSufiResult)
Look for project survey name in rsufi result.
|
protected Map<String,String> |
WebService.getResultsPerZone(File scanDirectory)
Deprecated.
Recupere dans le repertoire des projets d'indicateur les resultats
disponible par zone (il ne peut y en avoir qu'un par zone).
|
RSufiResult |
ProjectService.getRSufiResult(File resultDirectory)
Retourne un object
RSufiResult initialise avec les données
du resultat du répertoire demandé. |
File |
PublicationService.getRsufiResultComChart(Project project,
File resultDirectory,
RSufiResult rsufiResult,
File codeTypeEspecesFile,
String indicator,
String list,
String zoneDisplayName,
String indicatorName,
String unit,
Locale locale)
Generate community graph for selected indicator.
|
File |
PublicationService.getRsufiResultComChartData(File resultDirectory,
RSufiResult rsufiResult,
String indicator,
String list)
Genere un sous fichier CSV (qui contient un sous ensemble de estPopInd)
et qui a servit a generer le graphique.
|
Map<String,Object[]> |
PublicationService.getRsufiResultComCharts(Project project,
File resultDirectory,
RSufiResult rsufiResult,
File codeTypeEspecesFile,
Collection<String> indicators,
String zoneDisplayName,
org.apache.commons.collections4.map.MultiKeyMap indicatorMap,
Locale locale,
int width,
int height)
Generate community graph for selected indicators.
|
protected Map<String,String> |
WebService.getRsufiResultComIndicatorLists(File resultDirectory,
RSufiResult rsufiResult,
File codeTypeEspecesFile,
String indicator,
Locale locale)
Deprecated.
Recupere les nom des listes sur lesquelle ont été calculé les
indicateurs avec leurs traductions.
|
protected Map<String,String> |
WebService.getRsufiResultComIndicators(File resultDirectory,
RSufiResult rsufiResult,
Locale locale)
Deprecated.
Recupere la liste de toutes les especes nom sci et nom off à partir
d'un resultat.
|
File |
PublicationService.getRsufiResultPopChart(Project project,
File resultDirectory,
RSufiResult rsufiResult,
String species,
String indicator,
String zoneDisplayName,
String indicatorName,
String unit,
Locale locale)
Generate population graph for selected species and indicator.
|
File |
PublicationService.getRsufiResultPopChartData(File resultDirectory,
RSufiResult rsufiResult,
String species,
String indicator)
Genere un sous fichier CSV (qui contient un sous ensemble de estPopInd)
et qui a servit a generer le graphique.
|
Map<String,Object[]> |
PublicationService.getRsufiResultPopCharts(Project project,
File resultDirectory,
RSufiResult rsufiResult,
Collection<String> species,
Collection<String> indicators,
String zoneDisplayName,
org.apache.commons.collections4.map.MultiKeyMap indicatorMap,
Locale locale,
int width,
int height)
Generate population graph for selected species and indicator.
|
protected Map<String,String> |
WebService.getRsufiResultPopIndicators(File resultDirectory,
RSufiResult rsufiResult,
String species,
Locale locale)
Deprecated.
Recupere la liste de toutes les especes nom sci et nom off à partir
d'un resultat.
|
protected Map<String,String> |
WebService.getRsufiResultSpecies(Project project,
File resultDirectory,
RSufiResult rsufiResult)
Deprecated.
Recupere la liste de toutes les especes nom sci et nom off à partir
d'un resultat.
|
File |
WebService.getSourceZip(String zone,
Locale locale)
Deprecated.
Genere un fichier zip des sources d'un projet.
|
Map<String,String> |
WebService.getSpecies(Collection<String> zones,
boolean forMap)
Deprecated.
Recuperer la liste des populations pour un ensemble de zones donnée.
|
Map<String,String> |
WebService.getSpecies(String zone,
boolean forMap)
Deprecated.
Recuperer la liste des populations pour une zone donnée.
|
List<Coordinate> |
ProjectService.getStrataHaulCoordinate(Selection selection,
Collection<String> strataCollection)
Get all strata's haul coordinates of given strata.
|
Map<String,List<String>> |
WebService.getZoneByFacade()
Deprecated.
Retourne les zones disponible par facade.
|
Map<String,String> |
WebService.getZoneForFacade(String facade,
boolean onlyWithSource,
boolean forMap)
Deprecated.
Pour une zone principale, recupere la liste des couples sous-zone /
campagne qui sont disponible dans cette zone principale.
|
String |
WebService.getZoneFullName(String zoneId)
Deprecated.
Retourne les nom d'une zone (avec la facade, l'année et la serie) en
fonction de l'id de la zone.
|
Map<String,String> |
WebService.getZoneMetaInfo(Locale locale)
Deprecated.
Recupere la liste des meta info pour chaque id de zone sous forme de Map.
|
Map<String,String> |
WebService.getZonePictures()
Deprecated.
Recupere la liste des cartes pour chaque id de zone sous forme de Map.
|
protected Map<String,String> |
WebService.getZonesIds(File scanDirectory,
Boolean indicatorResults,
Boolean mapResults,
Boolean dataResults)
Deprecated.
Recupere dans un repertoire donné, les zoneid des resultat avec
pour chaque id, le nom du projet associé.
|
protected Map<String,String> |
WebResultService.getZonesIds(ProjectService projectService,
File scanDirectory,
Boolean indicatorResults,
Boolean mapResults,
Boolean dataResults)
Recupere dans un repertoire donné, les zoneid des resultat avec
pour chaque id, le nom du projet associé.
|
DataStorage |
WebService.getZonesMap()
Deprecated.
Charge les zones disponibles depuis le fichier des zones.
|
Selection |
ProjectService.initProjectSelection(Project project)
Creer une instance de selection "non sauvegardee" avec les données
de control (validée) du projet.
|
Selection |
ProjectService.initProjectSelectionFromFile(Project project,
File selectionFile)
Initialise une nouvelle selection à partir des données de controle
et de la definition de la selection du fichier fournit.
|
Project |
ProjectService.loadControlData(Project project)
Load control data in an initialized project.
|
Project |
ProjectService.loadControlDataToSelection(Project project,
Selection selection)
Recharge les données de control et les copies dans la selection.
|
DataStorage |
CommonService.loadCSVFile(File file)
Charge un fichier csv (estcomind/estpopind ...) mais sans verification.
|
DataStorage |
CommonService.loadCSVFile(File file,
char separator)
Charge un fichier csv (estcomind/estpopind ...) mais sans verification.
|
DataStorage |
CommonService.loadCSVFile(Project project,
CoserConstants.Category category,
File file)
Load file as csv.
|
DataStorage |
CommonService.loadCSVFile(Project project,
CoserConstants.Category category,
File file,
ProgressMonitor progress)
Load file as csv.
|
DataStorage |
CommonService.loadCSVFile(Project project,
CoserConstants.Category category,
File file,
ProgressMonitor progress,
boolean originalLoading)
Load file as csv.
|
protected List<RSufiResult> |
ProjectService.loadRSufiResults(File selectionDirectory)
Load rsufi result in specified directory.
|
Project |
ProjectService.loadSelectionData(File projectsDirectory,
Project project,
Selection selection)
Load selection data in an initialized project form specific directory.
|
Project |
ProjectService.loadSelectionData(Project project,
Selection selection)
Load selection data in an initialized project.
|
Project |
ProjectService.mergeSpecies(Project project,
Selection selection,
String newSpeciesName,
String comment,
String... speciesNames)
Fusion d'especes.
|
protected void |
WebService.modifyRSufiResults(Collection<RSufiResultPath> selectedResults,
Collection<RSufiResultPath> indicatorsResults,
Collection<RSufiResultPath> mapResults,
Collection<RSufiResultPath> publishDataResults)
Deprecated.
Modifie les types et options de certains résultats rsufi (map result,
data sources result).
|
Project |
ProjectService.openProject(String projectName)
Open project without loading data.
|
Project |
ProjectService.openProject(String projectName,
File parentDirectory)
Open project without loading data.
|
Selection |
ProjectService.openSelection(String projectName,
String selectionName)
Open selection (without opening associated project) without associated
data (just properties info).
|
File |
WebService.performResultExtract(Collection<RSufiResultPath> selectedResults,
Collection<RSufiResultPath> publishDataResults,
File extractDirectory)
Deprecated.
Extract directory to custom directory.
|
String |
ClientResultService.performResultUpload(Collection<GlobalResult> selectedResults,
Collection<GlobalResult> indicatorsResults,
Collection<GlobalResult> mapResults,
Collection<GlobalResult> publishDataResults,
String login,
String password,
ProgressMonitor progress)
Upload user selected result to coser web front-end using common http
client.
|
String |
WebService.performResultUpload(Collection<RSufiResultPath> selectedResults,
Collection<RSufiResultPath> indicatorsResults,
Collection<RSufiResultPath> mapResults,
Collection<RSufiResultPath> publishDataResults,
String login,
String password,
ProgressMonitor progress)
Deprecated.
Upload user selected result to coser web front-end using common http
client.
|
void |
WebService.registerNewUploadedResults(String login,
File archiveFile)
Deprecated.
Traite le fichier uploade par l'application client et l'enregistre
dans le stockage coté web.
|
protected void |
WebResultService.registerNewUploadedResultsForRSufi(fr.ifremer.coser.services.WebResultService.NewUploadContext uploadContext,
File tempDirectory,
GetResultNameRequest indicatorsRequest,
GetResultNameRequest mapsRequest,
GetResultNameRequest rawDataRequest) |
void |
ProjectService.replaceData(Project project,
Control control,
CoserConstants.Category category,
String[] data)
Replace all bean data.
|
boolean |
ProjectService.replaceFieldValue(Project project,
CoserConstants.Category category,
String headerName,
String searchString,
String replaceString,
String[] data,
boolean isRegex,
String commandUUID)
Replace une valeur d'un champs si nécéssaire.
|
void |
ProjectService.saveProject(Project project,
List<File> maps)
Sauve seulement les informations concernant le projet et les cartes
si elle ont été modifiée par rapport à la liste des cartes actuellement
dans le projet.
|
void |
ProjectService.saveProjectControl(Project project)
Enregistre les fichiers de données apres validation.
|
void |
ProjectService.saveProjectSelection(Project project,
Selection selection)
Save project selection.
|
void |
ProjectService.saveRSufiResult(File rsufiResultDirectory,
RSufiResult rsufiResult)
Save rsufi result (only properties file).
|
void |
ProjectService.saveRsufiResults(Project project,
Selection selection,
RSufiResult rsufiResult,
List<File> othersFiles)
Create new rsufi result list in directory structure.
|
void |
CommonService.storeData(DataStorage content,
File file)
Store project category data in specified file as csv.
|
void |
CommonService.storeDataWhithoutQuote(DataStorage content,
File file,
Map<String,String> refTaxSpecies,
CoserConstants.Category category)
Deprecated.
since 1.4, prefer use of
#storeDataWhithoutQuote(DataStorage, Writer, Map, Category) |
void |
CommonService.storeDataWhithoutQuote(DataStorage content,
Writer writer,
Map<String,String> refTaxSpecies,
CoserConstants.Category category)
Store data without quoting every columns with "" (r specific demand).
|
void |
CommandService.undoAction(Project project,
AbstractDataContainer container)
Undo last command on container.
|
void |
CommandService.undoAction(Project project,
AbstractDataContainer container,
int commandsCount)
Undo specified command count on container.
|
protected void |
WebService.updateDataProperties()
Deprecated.
Met à jour certaines proprietes apres la mise à jour des données.
|
protected Project |
ProjectService.updateProjectMaps(Project project,
File projectDirectory,
List<File> newMaps)
Update project maps with new maps.
|
void |
ProjectService.validControl(Project project,
List<ControlError> validationErrors)
Marque le controle comme valider et sauve le projet.
|
void |
ProjectService.validSelection(Project project,
Selection selection)
Marque la selection comme validée et sauve le projet.
|
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